La Commission, le Parlement et le Conseil peuvent adopter des lois semi constitutionnelles par accord commun, plutôt que par amendement à des traités déjà existants. Ces accords, dénommés "inter-institutionnels" ont une obligation légale pour les institutions signataires. Le pouvoir accordé au Parlement européen pour le contrôle du budget de l'UE a été développé de cette manière.
Le Traité de Nice n’autorise ces accords inter-institutionnels que si les trois Institutions y prennent part. Le Conseil a insisté sur ce point à la suite d’un accord sur l’accès à certains documents classifiés pris seulement entre la Commission et le Parlement alors que le Conseil ne l’avait pas accepté.